Mariët Meester werd geboren in Den Haag, als oudste kind in een onderwijzersgezin. Als baby verhuisde ze met haar ouders naar de Drentse gevangeniskolonie Veenhuizen, waar haar vader hoofd van de School met de Bijbel werd. Veenhuizen werd in die tijd wel ‘Hollands Siberië’ genoemd.
Op haar achttiende ging Mariët Meester naar Groningen, om eerst te studeren aan de lerarenopleiding, daarna aan de Academie voor Beeldende Kunsten Minerva. Tijdens het stagejaar trok ze samen met haar vriend Jaap de Ruig in een zelfgebouwd woonwagentje door Frankrijk. Ze publiceerde het reisverslag Een spoor van paardemest.
Na een periode als beeldend kunstenaar en freelance journalist, verscheen in 1990 haar eerste literaire boek, de roman Sevillana. In datzelfde jaar reisde ze voor het eerst naar Roemenië, waar ze contact zocht met Roma (zigeuners). In 1991 verbleef ze opnieuw bij Roemeense Roma, wat in 1992 leidde tot het reisboek De stilte voor het vuur.
Meesters tweede roman was getiteld Bokkezang (1994) en werd later vertaald in het Russisch. In 1997 verscheen de roman De eerste zonde, die zich afspeelt in het dorp waar de auteur opgroeide. Van dit boek werd een toneelstuk gemaakt dat in première ging in het gevangenismuseum in Veenhuizen.
In 2000 kwam een bundel reisverhalen uit, De verdwaalde nomade. In datzelfde jaar werd Mariët Meester uitgenodigd om deel te nemen aan de Literatuurexpres, een reis per trein van Lissabon via Sint Petersburg naar Berlijn, met meer dan honderd Europese schrijvers als passagiers.
Van oktober 2003 tot oktober 2004 reisde de schrijfster opnieuw door Europa, ditmaal samen met Jaap de Ruig, fotograaf en videokunstenaar. Op vijfentwintig plaatsen vertoonden ze zijn films. In 2003 verscheen ook de roman De overstroming, over een groepje mensen dat op een terp een grote overstroming in het huidige Nederlandse polderlandschap overleeft.
Eind 2005 werd de roman De volmaakte man gepubliceerd, waarin een jong Amsterdams stel zich bekommert om een excentrieke joodse buurvrouw die tijdens de Tweede Wereldoorlog in Veenhuizen ondergedoken heeft gezeten. Een halfjaar later bracht de auteur in Sla een spijker in mijn hart – Roemeense Roma na de revolutie (mei 2006) al
haar ervaringen met Roemeense Roma samen.
In 2009 verscheen Liefdeslied van een reiziger. Een roman over twee geliefden die al meer dan een kwart eeuw samen zijn. Ze besluiten een tijd vakantie te nemen – van elkaar. In het boek volgen we de mannelijke hoofdpersoon Ruben die zijn vrijheid viert door met zijn kat Igor door Europa te reizen.
Daarna schreef Meester een non-fictieboek waarvoor ze drie maanden onderzoek deed in de Amerikaanse staat Washington. Dit boek, De mythische oom, verschijnt in januari 2012. De Amerikaanse oom van Mariët Meester leed aan een ernstige vorm van leukemie. Hij overleefde dankzij een stamceltransplantatie, waarbij zijn broer – de vader van de schrijfster – de donor was. In De mythische oom verdiept zij zich in het leven van haar oom, zijn pioniersbestaan in de VS, zijn allesoverheersende geloof en zijn bijzondere genezing.
Mariët Meester en Jaap de Ruig wonen afwisselend in Amsterdam en in een woonwagen ten zuiden van de stad. Sinds 1 februari 2011 verblijven ze ook veel in de oude katholieke pastorie van het gevangenisdorp Veenhuizen.